大悟与麗奈的兒子翼在一次飛機測試的途中回到了古代，并被一幫村民救起。企圖支配黑暗的杜古馬、大達拿和我龍操縱怪獸佐蒙多展開襲擊村落的計劃。翼和村民準備對抗怪獸的入侵…… 　　一面倒防守的村民的身邊出現了一位旅途中的勇士馬巴，他手持的青銅製Sparklance令翼覺得很面善，認為這就是令其父親大悟變身成巨人Sparklance，當他拿起這東西集中精神後，竟變身成為超人迪加！但身材不高又沒有能量，所以不能打敗怪獸，而且能量不足很快就變回人。 　　黑暗魔神杜古呼終於醒來了，與怪獸一起襲擊村落……翼難道不是光之巨人的傳人？那真正的傳人究竟會是誰？光之巨人最終能否復活……

21世纪，地球回复昔日的和平，但此时宇宙坠下一颗陨石，陨石有一个人工的时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队通过时空囊了解到地球将有大灾难发生。而此时…

在 迪迦与 加坦杰厄决战的两年之后，TPC内部的鹰派与鸽派矛盾加剧，而因为迪迦消失而急于补充战力的 TPC官员制订了极密的F计划，旨在探索迪迦与加坦杰厄的战场——露露耶的超古代遗迹以寻找新的巨人， 居间惠队长也随行。但不幸的是，在探索过程中，在3000万年前被迪迦击败的三名邪恶巨人 卡蜜拉、 达拉姆和 希特拉意外复苏了，并放出无数 佐加幼鸟攻击调查队。与此同时，幽怜借居间惠队长的身体出现并在露露耶布下了一个能维持100年的结界以保护人类。而大古出现了很离奇的幻觉，曾梦见与丽娜的婚礼上所有的来宾都变成了卡蜜拉；与此同时，宗方、新城和崛井前往露露耶搜救，却遭到了佐加攻击；在回来后，宗方汇报了露露耶的情况，在经过了一场讨论后，TPC高层最终决定毁灭露露耶。大古、丽娜、真由美和野瑞在城市聊天，谈及与丽娜结婚发放邀请函时卡蜜拉又出现了，问大古为什么没有给她发邀请函，而后遭遇了佐加袭击城市，之后与丽娜走散，在寻找丽娜时感慨自己无法变身迪迦保护城市，之后卡蜜拉给了大古黑暗神光棒并诱惑大古变身，在大古变身后，卡蜜拉三人现出真身诱惑迪迦回归，这时，大古发现了刚才拿气球的小女孩因为母亲去世而哭泣，正当迪迦想要救女孩时，却因为黑暗内心的影响却杀死了女孩，但这一切都是卡蜜拉的幻象。丽娜发现了大古的异象，和其谈话时，大古不耐烦地吼了她，却因此摆脱了幻象。当晚，在大古和丽娜一起乘坐摩天轮时，大古又出现幻觉叫出了卡蜜拉的名字因而与丽娜发生了争执（其实卡蜜拉是3000万年前黑暗迪迦的恋人）。在回到TPC总部时，宗方告诉了大古居间惠队长被困在露露耶的真相，但拒绝让大古参与救援；之后，大古为了了解黑暗迪迦的真相，前往TPC的仓库寻找幽怜的时光机器，但时光机器在播放了一段黑暗迪迦与卡蜜拉、达拉姆和希特拉一起破坏世界的影象后就自毁了。就在这时，卡蜜拉、达拉姆和希特拉出现了，在攻击大古之后卡蜜拉道出了真相：3000万年前，巨人们在击倒了所有敌人之后，为了利益而开始了内战；4人在那时曾一同称霸了世界，但迪迦则在幽怜的劝说之下放弃了黑暗并获得了光的力量，最终封印了他原来的同伴。而卡蜜拉、达拉姆和希特拉被困在结界中，他们以居间惠队长来要挟大古重回黑暗，以便打破结界、重新称霸世界。当声音消失时，在外偷听的丽娜打开了仓库，却发现大古昏迷不醒，翻过大古后又发现了黑暗神光棒。在大古昏迷期间，幽怜在梦里告诉了大古一些事情和真相，醒来之后，为了救居间队长，与丽娜一番交谈后，丽娜给了大古黑暗神光棒，于是大古孤身前往露露耶。随后，丽娜与宗方等五人驾驶雅格迪斯号一同前往露露耶，在露露耶大古变身成了黑暗迪迦并打破了结界，此时露露耶也爆发出了比加坦杰厄出现时更强的黑暗能量，黑暗再度笼罩天空。 GUTS的雅格迪斯号在大批佐加的攻击下逐渐不支，幸而一批新兵（未来SUPER GUTS的喜比刚助、幸田、狩矢和 由美村良）前来支援才转危为安。与此同时，居间队长也依靠宗方指挥送给她的护身符拿到了掉在洞中的引爆器，消灭了所有的佐加。

在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼决战结束后，人类世界享受了长达两年的和平。这天，入间队长跟随GUTS考古队来到南太平洋的远古遗迹露露耶，在这里，他们又发现了已被毁灭的超古代城市，还有三尊邪神的石像——希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）以及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间强烈反对触动古迹，却无法改变上层的决定，最终致使三尊邪神复活，人类再次陷入危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）和柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）感情稳定，即将步入婚姻殿堂。然而，邪神指挥其爪牙向人类世界发起攻击，早已失去奥特曼力量的大古，面对眼前的危机毫无办法。三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，不断折磨着大古和迪迦奥特曼……

迪迦奥特曼与正义的人类拯救地球后，人类的文明与科技走向了广阔的宇宙。新领域时代的开启加速了人类对未知世界的开拓。可是，一些新的邪恶力量也在这时向光明的世界展开了反扑。寂静的星空再度被打破，人类又一次面临危机。 在月球表面的一次战斗中，超级胜利队和戴拿奥特曼一起迎击了从宇宙来的怪兽格朗达。并在TPC（地球和平联合组织）最新制造的巨大战舰普罗米修斯的支援下，超级胜利队和戴拿奥特曼击倒了格朗达。但随后出现的侵略者莫内拉星人，暗中进行着企图将全人类抹杀的可怕计划。莫内拉星人夺取了普罗米修斯，并将它改造成拥有可怕力量的电脑魔神戴斯法萨。 莫内拉星人与莫内拉杰多合为一体，诞生出了超巨大植物怪兽莫内拉皇后。莫内拉皇后直接捕获了戴拿奥特曼，被捕获的戴拿奥特曼失去了行动力。就在人类以为失去希望的时刻，传说中的光之巨人迪迦奥特曼出现了！

于2006年隆重首播的“奥特曼诞生40周年”纪念特摄《梦比优斯奥特曼》，继2008的全两集外传《ArmoredDarkness》之后，确定在2009年11月25日、12月22日再接再厉推出崭新的外传系列《梦比优斯奥特曼外传GhostRebirth》。这部DVD同样是全两卷完结，而且同样改编自连载中的同名原作漫画。《梦比优斯奥特曼》自从在电视上播出一整年宣告剧终以后，即便时间到了两年后的今日依然魅力不减。不但相关的外传漫画接连刊载，而且这些漫画也陆续被改编成特摄、发售DVD。在2007年6月23日，梦比优斯更是与假面骑士电王一起携手进行日本职棒的开球仪式，实在是非常了不得的荣誉。今次这部由改编自特摄原作的漫画作品，居然反过来再次改编为特摄电影，更是可以证明其在日本观众中的人气了。@m.yakubd.cc

这次的敌人，为了在电视系列最后展开大激斗的安培拉星人而秘密制作了传说之铠甲：暗黑铠甲。 发挥安培拉星人级的蛮力和魔力的这件铠甲为何会开始活动？ 另外，身穿铠甲的是人是谁，而且，他的目的是什么？ 谜中谜呼之欲出展开中，加入奥特兄弟的年轻勇者·梦比优斯和相原 龙率领GREW GUYS再次合力，挑战暗黑铠甲。 加上新队员加入CREW GUYS，以五十岚隼士饰日比野未来为首的迷友们所熟悉的电视系列正式演出者共同出演描绘这次的故事，梦比优斯等人和暗黑铠甲之间的白热化的攻防战，分成两卷描写。

宇宙有翼骨兽格兰达出现在了宇宙空间里。Super GUTS和戴拿奥特曼都在战斗中落了下风。千钧一发之际，TPC极密制造的战舰普罗米修斯号出现，救下了戴拿。 　　几天后，在克利欧莫斯岛召开了普罗米修斯的说明会。Super GUTS前去参加，见到了开发负责人如月泪博士（杉本彩饰）。普罗米修斯号是靠人类的思考数据来模拟人的行为进行战斗的，为了获取数据，她希望能把Super GUTS队员的战斗经验移植给普罗米修斯号。 　　飞鸟信（鹤野刚士饰）作为第一个数据移植者，在移植过程中失去了意识。此时，谜一样的UFO入侵了克利欧莫斯岛。敌人击退了Super GUTS的攻击，并将普罗米修斯号改造成了电脑魔神戴斯非萨…

暗黑宇宙大皇帝安培拉星人为了再次进攻奥特之星，特意打造出了一套铠甲。这套铠甲拥有相当可怕的力量，只有像安培拉星人、贝利亚奥特曼这种拥有强大黑暗力量的外星人才能穿着。穿上这套铠甲的人，实力会增幅数十倍，其他人如果穿上这套铠甲，不光不能获得力量，反而会被铠甲所控制。 安培拉星人死后，黑暗铠甲拥有属于自己的意识，在黑暗火焰（安培拉星人的宇宙船）的空间中出现。黑暗铠甲吞噬了希卡利并夺走了希卡利的意识，使希卡利变成了黑暗铠甲的傀儡，让地球再次出现了许多怪兽。 后来，梦比优斯按希卡利之前教给他的办法，在GUYS队员的帮助下，让黑暗铠甲裂开了一条缝隙，希卡利借此得以脱身。脱身后希卡利和梦比优斯直接击碎了黑暗铠甲，没想到，破碎的黑暗铠甲居然再度复活了。 一场恶战再次打响……